{"id":852,"date":"2020-05-06T07:46:45","date_gmt":"2020-05-06T07:46:45","guid":{"rendered":"https:\/\/website.prod.unilu.spikeseed.cloud\/fr\/news\/un-effort-international-pour-cartographier-les-mecanismes-viraux\/"},"modified":"2020-05-06T07:46:45","modified_gmt":"2020-05-06T07:46:45","slug":"un-effort-international-pour-cartographier-les-mecanismes-viraux","status":"publish","type":"news","link":"https:\/\/www.uni.lu\/fr\/news\/un-effort-international-pour-cartographier-les-mecanismes-viraux\/","title":{"rendered":"Un effort international pour cartographier les m\u00e9canismes viraux"},"content":{"rendered":"<section class=\"wp-block-unilux-blocks-free-section section\"><div class=\"container xl:max-w-screen-xl\"><p>Dans la lutte contre la pand\u00e9mie en cours, des chercheurs du Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) de l\u2019Universit\u00e9 du Luxembourg coordonnent une collaboration internationale visant \u00e0 construire une \u00ab disease map \u00bb : un catalogue exhaustif incluant toutes les connaissances actuelles sur les interactions entre le virus et son h\u00f4te. Cet outil en ligne permettra de soutenir les efforts de recherche et d\u2019am\u00e9liorer notre compr\u00e9hension de la maladie.<\/p><p>Dans un article scientifique publi\u00e9 cette semaine dans Nature Scientific Data, les chercheurs pr\u00e9sentent leur projet et appellent la communaut\u00e9 scientifique mondiale \u00e0 y contribuer.<\/p><p>Gr\u00e2ce \u00e0 plus de dix ans d\u2019exp\u00e9rience en mati\u00e8re de d\u00e9veloppement de \u00ab disease maps \u00bb et \u00e0 une longue habitude du travail au sein de larges consortia internationaux, les chercheurs du <a href=\"https:\/\/wwwfr.uni.lu\/lcsb\" target=\"_self\" title=\"\" rel=\"noopener\">LCSB<\/a> ont pu r\u00e9agir rapidement face \u00e0 la pand\u00e9mie. Ils ont mis ce projet sur pied en quelques semaines et 162 chercheurs issus de 25 pays participent maintenant \u00e0 cette collaboration. Gr\u00e2ce \u00e0 une organisation rigoureuse et efficace, ils extraient et rassemblent les donn\u00e9es issues de la litt\u00e9rature scientifique existante et des publications r\u00e9centes sur le virus dont le nombre est en plein essor, construisant ainsi une cartographie fiable des connaissances actuelles.<\/p><p>Cette plateforme va fournir une repr\u00e9sentation graphique et interactive de l\u2019ensemble des m\u00e9canismes impliqu\u00e9s dans la maladie, ainsi que les ressources informatiques n\u00e9cessaires pour l\u2019analyses de donn\u00e9es et la mod\u00e9lisation de la maladie. \u00ab Cet outil permettra aux experts de diff\u00e9rents domaines, comme par exemple des cliniciens, des virologues et des immunologistes, de collaborer avec les analystes et les sp\u00e9cialistes en biologie computationnelle. C\u2019est essentiel pour pouvoir formuler des mod\u00e8les pr\u00e9cis de la maladie et pour interpr\u00e9ter correctement les donn\u00e9es, \u00bb explique le professeur <a href=\"https:\/\/wwwfr.uni.lu\/lcsb\/people\/reinhard_schneider\" target=\"_self\" title=\"\" rel=\"noopener\">Reinhard Schneider<\/a>, responsable du <a href=\"https:\/\/wwwfr.uni.lu\/lcsb\/research\/bioinformatics_core\" target=\"_self\" title=\"\" rel=\"noopener\">Bioinformatics Core<\/a> au LCSB.<\/p><p><figure class=\"wp-block-dev4-reusable-blocks-image  object-fit--contain\">\n    \n<img decoding=\"async\" class=\"wp-block-image unilux-custom-image-block\"\n                alt=\"\"\n            src=\"https:\/\/www.uni.lu\/wp-content\/uploads\/sites\/11\/2023\/07\/covid_19_disease_map_diagram_510.jpg\"\n                    style=\"object-position: 50.00% 50.00%; font-family: &quot;object-fit: contain; object-position: 50.00% 50.00%;&quot;; aspect-ratio: 16\/9; object-fit: contain; width: 100%;\"\n        loading=\"lazy\"\n\/>    <\/figure><\/p><p>La fa\u00e7on dont cette cartographie des connaissances sur le virus est en train d\u2019\u00eatre construite est unique. Du fait de l\u2019urgence li\u00e9e \u00e0 la pand\u00e9mie en cours, les chercheurs doivent utiliser une approche d\u00e9centralis\u00e9e reposant sur de multiples outils et de multiples groupes. En effet, seule une collaboration entre de nombreuses institutions de recherche et la combinaison de plusieurs expertises permet de s\u2019attaquer \u00e0 ce d\u00e9fi assez rapidement. \u00ab La r\u00e9activit\u00e9 de la communaut\u00e9 scientifique est d\u00e9j\u00e0 remarquable, mais nous voulons gagner en visibilit\u00e9 et inciter de nouveaux participants \u00e0 rejoindre l\u2019\u00e9quipe, \u00bb souligne <a href=\"https:\/\/wwwfr.uni.lu\/lcsb\/people\/marek_ostaszewski\" target=\"_self\" title=\"\" rel=\"noopener\">Dr Marek Ostaszewski<\/a>, membre du Bioinformatics Core et l\u2019un des coordinateurs du projet. \u00ab Nous invitons les sp\u00e9cialistes de la curation de donn\u00e9es int\u00e9ress\u00e9s \u00e0 venir nous aider \u00e0 construire ce catalogue. \u00bb Les chercheurs sont \u00e9galement \u00e0 la recherche de m\u00e9decins, de cliniciens et d\u2019experts de diff\u00e9rents domaines. Leurs apports seront essentiels pour faire une analyse critique de la \u00ab disease map \u00bb, de son contenu et de son \u00e9tendue, et pour en am\u00e9liorer la qualit\u00e9 et la pertinence.<\/p><p>Une telle collaboration entre chercheurs cliniciens, biologistes, curateurs, bioinformaticiens et analystes permet de construire une ressource fiable et utile pour tous les projets de recherche \u00e9tudiant les m\u00e9canismes de COVID-19. La somme des connaissances rassembl\u00e9es va am\u00e9liorer notre compr\u00e9hension de facteurs de risque pour l\u2019h\u00f4te (genre, \u00e2ge et autres caract\u00e9ristiques), de la progression de la maladie, des m\u00e9canismes de d\u00e9fense et des r\u00e9ponses aux traitements. Cette plateforme va \u00e9galement faciliter la mise au point de strat\u00e9gies de diagnostic et de traitement efficaces. \u00ab Ce projet ouvre la voie vers le d\u00e9veloppement communautaire et sur le long terme de mod\u00e8les de bonne qualit\u00e9 et de larges banques de savoir. Ces outils seront utiles \u00e0 la fois pour l\u2019\u00e9pid\u00e9mie en cours et pour les prochaines, \u00bb conclut Prof. Schneider.<\/p><p>Page web de la \u00ab disease map COVID-19 \u00bb :\u00a0<strong><a href=\"https:\/\/covid.pages.uni.lu\" target=\"_blank\" title=\"\" rel=\"noopener\">covid.pages.uni.lu<\/a><\/strong><\/p><p>R\u00e9f\u00e9rence : M. Ostaszewski, A. Mazein, M. E. Gillespie, I. Kuperstein, A. Niarakis, H. Hermjakob, A. R. Pico, E. L. Willighagen, C. T. Evelo, J. Hasenauer, F. Schreiber, A. Dr\u00e4ger, E. Demir, O. Wolkenhauer, L. I. Furlong, E. Barillot, J. Dopazo, A. Orta-Resendiz, F. Messina, A. Valencia, A. Funahashi, H. Kitano, C. Auffray, R. Balling and R. Schneider. COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms. Sci Data 7, 136 (2020). <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41597-020-0477-8\" target=\"_self\" title=\"\" rel=\"noopener\">https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41597-020-0477-8<\/a><\/p><p>Liste des partenaires : Reactome, WikiPathways, IMEx Consortium, Pathway Commons, DisGeNET, ELIXIR, and the Disease Maps Community.<\/p><p>\u00a9 Photos : Science Relations<\/p><\/div><\/section>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Dans la lutte contre la pand\u00e9mie en cours, des chercheurs du Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) de l\u2019Universit\u00e9 du Luxembourg coordonnent une collaboration internationale visant \u00e0 construire une \u00ab disease map \u00bb : un catalogue exhaustif incluant toutes les connaissances actuelles sur les interactions entre le virus et son h\u00f4te. 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