{"id":295,"date":"2018-11-13T16:01:21","date_gmt":"2018-11-13T15:01:21","guid":{"rendered":"https:\/\/website.prod.unilu.spikeseed.cloud\/fr\/news\/glaner-et-faire-fructifier-les-donnees-sur-le-metabolisme-humain\/"},"modified":"2024-03-25T17:23:44","modified_gmt":"2024-03-25T16:23:44","slug":"glaner-et-faire-fructifier-les-donnees-sur-le-metabolisme-humain","status":"publish","type":"news","link":"https:\/\/www.uni.lu\/fr\/news\/glaner-et-faire-fructifier-les-donnees-sur-le-metabolisme-humain\/","title":{"rendered":"Glaner et faire fructifier les donn\u00e9es sur le m\u00e9tabolisme humain"},"content":{"rendered":"

Le LCSB lance une base de donn\u00e9es en libre acc\u00e8s regroupant les connaissances sur le m\u00e9tabolisme humain.<\/p>

Un consortium international men\u00e9 par le Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB)<\/a> de l\u2019Universit\u00e9 du Luxembourg a d\u00e9velopp\u00e9 une base de donn\u00e9es unique au monde baptis\u00e9e \u00ab Virtual Metabolic Human Database \u00bb (VMH)<\/a>. VMH regroupe un ensemble de connaissances sur le m\u00e9tabolisme humain g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par des chercheurs du monde entier au cours des 60 derni\u00e8res ann\u00e9es.<\/p>

Prof. Dr Ines Thiele, \u00e0 la t\u00eate du groupe de recherche Molecular Systems Physiology du LCSB, est responsable de ce projet. Son \u00e9quipe, en collaboration avec des partenaires fran\u00e7ais, n\u00e9erlandais et indiens, a collect\u00e9 et organis\u00e9 de fa\u00e7on syst\u00e9matique les donn\u00e9es existantes sur le m\u00e9tabolisme, certaines maladies, la flore microbienne du syst\u00e8me digestif et la nutrition. Les chercheurs ont ensuite combin\u00e9 les connaissances accumul\u00e9es avec des mod\u00e8les informatiques tr\u00e8s complets repr\u00e9sentant le fonctionnement du m\u00e9tabolisme humain. VMH est en libre acc\u00e8s, ce qui signifie que ces r\u00e9sultats issus de travaux de recherche financ\u00e9s par des fonds publics sont devenus accessibles \u00e0 tous. \u00ab De cette fa\u00e7on, chaque d\u00e9tail de la recherche sur le m\u00e9tabolisme n\u2019est qu\u2019\u00e0 un clic de n\u2019importe quel chercheur dans le monde \u00bb explique Ines Thiele. La revue scientifique Nucleic Acids Research<\/a> a publi\u00e9 le 29 octobre un article sur ce projet dans sa section \u00ab breakthrough \u00bb.<\/p>

\n \n\"\"\n <\/figure>

<\/p>

Peu de maladies humaines ont une cause unique, comme une seule mutation g\u00e9n\u00e9tique. La plupart du temps, il y a au contraire de multiples facteurs internes et externes qui entrent en jeu. C\u2019est particuli\u00e8rement le cas pour des maladies complexes telles que les cancers ou les maladies de Parkinson et d\u2019Alzheimer. Si les chercheurs ont d\u00e9couvert au fil du temps de nombreux d\u00e9tails sur le fonctionnement des maladies, \u00ab jusqu\u2019ici ce savoir \u00e9tait dispers\u00e9 entre diff\u00e9rents articles et bases de donn\u00e9es scientifiques \u00bb souligne Ines Thiele. \u00ab M\u00eame pour des sp\u00e9cialistes, il devient difficile d\u2019avoir une vision globale. \u00bb Sauf si des r\u00e9sultats sont publi\u00e9s en m\u00eame temps ou dans la m\u00eame revue, il est difficile d\u2019\u00e9tablir des liens entre eux : cela demande du temps et beaucoup d\u2019effort. C\u2019est ce qu\u2019une base de donn\u00e9es comme VMH va changer.<\/p>\n

\nUne base de donn\u00e9es unique sur le m\u00e9tabolisme humain<\/h2>\n

Avec le lancement de VMH, le consortium men\u00e9 par Ines Thiele voit la conclusion, temporaire, d\u2019une t\u00e2che hercul\u00e9enne. Pendant cinq ans, les chercheurs ont rassembl\u00e9 les donn\u00e9es disponibles dans les publications et le bases de donn\u00e9es scientifiques dans le domaine du m\u00e9tabolisme. Ces donn\u00e9es ont d\u00fb \u00eatre trait\u00e9es, pr\u00e9par\u00e9es afin d\u2019\u00eatre compatibles et utilisables au sein de VMH. L\u2019\u00e9quipe a aussi d\u00e9velopp\u00e9 un outil baptis\u00e9 Nutrition Designer pour les informations portant sur la nutrition. Il permet de simuler ce qui se passe au niveau du m\u00e9tabolisme en se concentrant sur les liens avec le r\u00e9gime alimentaire. \u00ab C\u2019est quelque chose de compl\u00e8tement nouveau et d\u2019assez chouette \u00bb indique Ines Thiele. Tout cela a \u00e9t\u00e9 rendu possible gr\u00e2ce \u00e0 diff\u00e9rents financements, le programme ATTRACT<\/a> du Fonds National de la Recherche du Luxembourg (FNR) et la bourse \u00ab ERC<\/a> starting grant \u00bb obtenu par le professeur Thiele, ainsi que via le projet NCER-PD<\/a> \u00e9galement financ\u00e9 par le FNR<\/a>.<\/p>\n

\nDe jeunes \u00e9tudiants ont contribu\u00e9 au projet<\/h2>\n

Un autre aspect de ce projet est aussi tr\u00e8s sp\u00e9cial : des lyc\u00e9ens et des \u00e9tudiants ont particip\u00e9 \u00e0 la cr\u00e9ation de la base de donn\u00e9es. \u00ab L\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re, nous avons organis\u00e9 une \u00e9cole d\u2019\u00e9t\u00e9 avec le Scienteens Lab de l\u2019universit\u00e9 du Luxembourg \u00bb explique Prof. Dr Ronan Fleming de l\u2019Universit\u00e9 de Leiden au Pays-Bas, pr\u00e9c\u00e9demment responsable du groupe Systems Biochemistry au LCSB et partenaire de ce projet. \u00ab Au cours de leur stage, les lyc\u00e9ens et \u00e9tudiants ont travaill\u00e9 ensemble pour pr\u00e9parer des donn\u00e9es pour VMH et pour permettre de les visualiser au sein de ce qui s\u2019apparente \u00e0 une carte Google du m\u00e9tabolisme humain. \u00bb M\u00eame si la plupart d\u2019entre eux avaient peu ou pas d\u2019exp\u00e9rience scientifique, ils ont fortement contribu\u00e9 et, comme Ronan Fleming le souligne : \u00ab tous ceux qui ont travaill\u00e9 sur ce projet sont donc cit\u00e9s en tant que co-auteurs de l\u2019article scientifique. \u00bb<\/p>

\n \n\"\"\n

\n L’\u00e9quipe du projet MitoCarte – The MitoCarte team <\/p>\n <\/figure>\n

\nUn outil performant pour la recherche biom\u00e9dicale<\/h2>\n

VMH va faciliter la recherche biom\u00e9dicale, Ines Thiele en est convaincue : \u00ab notre base de donn\u00e9es r\u00e9v\u00e8le des connections cach\u00e9es entre le m\u00e9tabolisme humain et celui de la flore microbienne intestinale. \u00bb C\u2019est important entre autres pour le d\u00e9veloppement des principes actifs des m\u00e9dicaments. Il est par exemple maintenant possible de d\u00e9couvrir si une substance destin\u00e9e \u00e0 combattre une maladie pourrait perturber des bact\u00e9ries du syst\u00e8me digestif importantes pour notre m\u00e9tabolisme. Ines Thiele continue : \u00ab en un clic, VMH me dit si le processus m\u00e9tabolique ou la prot\u00e9ine cibl\u00e9 par le principe actif est aussi pr\u00e9sent chez une des bact\u00e9ries. \u00bb Utiliser cette information pour modifier le principe actif en cons\u00e9quence, pourrait permettre d\u2019\u00e9viter des effets secondaires par exemple.<\/p>

Pour les chercheurs impliqu\u00e9s, le lancement de la plateforme VMH ne signifie pas la fin du travail comme l\u2019explique Ines Thiele : \u00ab nous devons intensifier nos efforts afin de maintenir VMH \u00e0 jour avec les derniers r\u00e9sultats scientifiques et en faire un outil vraiment efficace pour la recherche biom\u00e9dicale. \u00bb La prochaine \u00e9tape est de trouver des financements afin de pouvoir engager plus de scientifiques et de programmeurs. \u00ab Maintenant que VMH est en ligne, nous allons recevoir des conseils de la part de nos coll\u00e8gues et ils vont nous diriger vers des donn\u00e9es suppl\u00e9mentaires. L\u2019int\u00e9gration de ces nouvelles informations dans VMH va demander du travail. \u00bb \u00c0 terme, le professeur Thiele envisage de faire de VMH un outil de simulation et de pr\u00e9diction. \u00ab Il sera alors possible d\u2019analyser encore plus d\u2019aspects du m\u00e9tabolisme humain et de notre environnement, et \u00e9ventuellement de faire des pr\u00e9dictions personnalis\u00e9es, c\u2019est-\u00e0-dire pour un patient particulier, \u00e0 partir du moment o\u00f9 les donn\u00e9es correspondantes existent. \u00bb<\/p>

—<\/p>

Financements :<\/p>

Cette \u00e9tude a re\u00e7u des financements du Fonds National de la Recherche (FNR) via le programme ATTRACT (FNR\/A12\/01), le programme CORE (C16\/BM\/11332722), la bourse OPEN (FNR\/O16\/11402054), le National Centre of Excellence in Research on Parkinson\u2019s disease (NCER-PD), H2020 le programme-cadre de l\u2019Union europ\u00e9enne pour le recherche et l\u2019innovation (convention de subvention N. 668738), et le Conseil europ\u00e9en de la recherche (dans le cadre du programme H2020, convention de subvention N. 757922). L\u2019\u00e9tude a \u00e9galement re\u00e7u le g\u00e9n\u00e9reux soutien de\u00a0l\u2019ASBL Art2Cure pour la production de ReconMaps.<\/p>

Bibliographie\u00a0:<\/p>

Alberto Noronha, Jennifer Modamio, Yohan Jarosz, Elisabeth Guerard, Nicolas Sompairac, German Preciat, Anna Dr\u00f6fn Dan\u00edelsd\u00f3ttir, Max Krecke, Diane Merten, Hulda S Haraldsd\u00f3ttir, Almut Heinken, Laurent Heirendt, Stefan\u00eda Magn\u00fasd\u00f3ttir, Dmitry A Ravcheev, Swagatika Sahoo, Piotr Gawron, Lucia Friscioni, Beatriz Garcia, Mabel Prendergast, Alberto Puente, Mariana Rodrigues, Akansha Roy, Mouss Rouquaya, Luca Wiltgen, Alise \u017dagare, Elisabeth John, Maren Krueger, Inna Kuperstein, Andrei Zinovyev, Reinhard Schneider, Ronan M T Fleming, Ines Thiele; The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease, Nucleic Acids Research<\/i>, gky992, https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gky992<\/p><\/div><\/section>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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