{"id":173,"date":"2018-06-13T11:33:12","date_gmt":"2018-06-13T11:33:12","guid":{"rendered":"https:\/\/website.prod.unilu.spikeseed.cloud\/fr\/news\/une-enquete-scientifique-pour-des-resultats-plus-reproductibles\/"},"modified":"2018-06-13T11:33:12","modified_gmt":"2018-06-13T11:33:12","slug":"une-enquete-scientifique-pour-des-resultats-plus-reproductibles","status":"publish","type":"news","link":"https:\/\/www.uni.lu\/fr\/news\/une-enquete-scientifique-pour-des-resultats-plus-reproductibles\/","title":{"rendered":"Une enqu\u00eate scientifique pour des r\u00e9sultats plus reproductibles"},"content":{"rendered":"

Des traces de mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique \u00e9tranger non-humain trouv\u00e9es dans des \u00e9chantillons de sang humain\u00a0? Il s\u2019av\u00e8re que ce n\u2019est pas une nouvelle d\u00e9couverte scientifique\u00a0; le mat\u00e9riel de laboratoire \u00e9tait contamin\u00e9. Le professeur associ\u00e9 Paul Wilmes et son \u00e9quipe du Luxembourg Center for Systems Biomedicine (LCSB) de l\u2019Universit\u00e9 du Luxembourg racontent ce r\u00e9sultat inattendu dans un article publi\u00e9 dans le journal scientifique BMC Biology.<\/p>

Les chercheurs ont m\u00e9ticuleusement enqu\u00eat\u00e9 pour trouver l\u2019origine de ces fragments d\u2019ARN inexpliqu\u00e9s et ont fini par en identifier la source : un kit d\u2019extraction d\u2019ARN largement utilis\u00e9 dans les laboratoires de recherche. Leurs r\u00e9sultats soul\u00e8vent la question de la validit\u00e9 des nombreuses \u00e9tudes scientifiques dans lesquelles ce kit a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9 ces derni\u00e8res ann\u00e9es. Suite \u00e0 ces travaux, le leader mondial qui fabrique les kits a collabor\u00e9 avec le groupe de recherche du LCSB pour \u00e9viter toute future contamination de son mat\u00e9riel, ce qui devrait dor\u00e9navant garantir des r\u00e9sultats exp\u00e9rimentaux fiables.<\/p>

L\u2019origine de cette d\u00e9couverte par le groupe Eco-Systems Biology<\/a> du LCSB men\u00e9 par Paul Wilmes<\/a> remonte \u00e0 plusieurs ann\u00e9es : les chercheurs avaient alors d\u00e9couvert la pr\u00e9sence de petits ARN dans des \u00e9chantillons de selles humaines. Un r\u00e9sultat enthousiasmant au d\u00e9marrage car ces petits ARN jouent un r\u00f4le important dans l\u2019organisme. Ils sont, par exemple, impliqu\u00e9s dans la r\u00e9gulation de l\u2019expression des g\u00e8nes, et, dans certaines maladies, comme le cancer, les petits ARN humains semblent \u00eatre d\u00e9r\u00e9gul\u00e9s.<\/p>

Les chercheurs ont \u00e9tudi\u00e9 les petites mol\u00e9cules trouv\u00e9es dans les \u00e9chantillons et les ont compar\u00e9es \u00e0 des petits ARN d\u00e9j\u00e0 connus dans le sang humain. \u00ab Nous avons trouv\u00e9 que plus de la moiti\u00e9 des petits ARN que nous avions isol\u00e9s \u00e0 partir de sang humain avaient une origine non-humaine. Ils provenaient de bact\u00e9ries, de champignons, d\u2019aliments ou m\u00eame de moustiques, \u00bb explique Paul Wilmes. \u00ab Au d\u00e9but, nous avons pens\u00e9 que c\u2019\u00e9tait un r\u00e9sultat int\u00e9ressant, \u00bb continue-t-il. L\u2019hypoth\u00e8se \u00e0 ce moment-l\u00e0 \u00e9tait la suivante : ces ARN sont issus d\u2019organismes \u00e9trangers pr\u00e9sents dans l\u2019intestin et p\u00e9n\u00e8trent dans la circulation sanguine \u00e0 partir de l\u00e0. Si cette id\u00e9e se confirmait, ce serait non seulement un progr\u00e8s important par rapport aux connaissances actuelles mais aussi une d\u00e9couverte avec des cons\u00e9quences pratiques consid\u00e9rables. Ces mol\u00e9cules pourraient alors \u00eatre utilis\u00e9es en tant que biomarqueurs pour de nombreuses maladies. Une simple analyse sanguine permettrait aux chercheurs et m\u00e9decins d\u2019avoir un aper\u00e7u des processus biologiques en cours dans l\u2019intestin.<\/p>\n

\nContamination de kits utilis\u00e9s en laboratoire<\/h2>\n

Les scientifiques luxembourgeois ont poursuivi leur th\u00e9orie plus avant. Ils ont analys\u00e9 plus en d\u00e9tails la composition exacte de ces petites mol\u00e9cules et ont finalement commenc\u00e9 \u00e0 avoir des doutes. \u00ab Nous avons trouv\u00e9 des traces d\u2019ARN provenant d\u2019organismes que l\u2019on ne s\u2019attend vraiment pas \u00e0 trouver dans l\u2019organisme humain, comme des algues ou des bact\u00e9ries aquatiques, \u00bb d\u00e9taille Paul Wilmes. \u00ab Cela commen\u00e7ait \u00e0 n\u2019avoir aucun sens. \u00bb L\u2019\u00e9quipe a alors d\u00e9cid\u00e9 de tester le mat\u00e9riel de laboratoire et les r\u00e9actifs utilis\u00e9s pour isoler les ARN pr\u00e9sents dans le sang. De nombreuses et m\u00e9ticuleuses analyses plus tard, il \u00e9tait clair que les \u00e9nigmatiques petits ARN provenaient de la partie en silicone des colonnes au travers desquelles les \u00e9chantillons liquides sont pass\u00e9s afin d\u2019isoler l\u2019ARN. Ils y restaient attach\u00e9s. \u00ab Quand j\u2019ai commenc\u00e9 les exp\u00e9riences, j\u2019\u00e9tais vraiment inqui\u00e8te, \u00bb explique le Dr Anna Heintz-Buschart qui a jou\u00e9 un r\u00f4le majeur dans cette enqu\u00eate. \u00ab C\u2019est le cauchemar de tout chercheur travaillant en laboratoire de r\u00e9aliser que l\u2019on n\u2019a peut-\u00eatre pas travaill\u00e9 aussi prudemment que l\u2019on aurait d\u00fb. \u00bb<\/p>

En dehors du soulagement de savoir qu\u2019ils n\u2019\u00e9taient pas eux-m\u00eames la cause de la contamination, la frustration est l\u2019autre sentiment qui a submerg\u00e9 l\u2019\u00e9quipe. La d\u00e9couverte de ce d\u00e9faut dans les kits d\u2019extraction a en effet mis \u00e0 bas une partie de leurs propres travaux. Cependant, ils ne sont pas les seuls dans ce cas : en examinant la litt\u00e9rature scientifique et les jeux de donn\u00e9es d\u2019autres chercheurs, ils ont trouv\u00e9 exactement le m\u00eame type de contamination que celle qu\u2019ils ont observ\u00e9. Les r\u00e9sultats de ces \u00e9tudes doivent donc maintenant \u00eatre r\u00e9\u00e9valu\u00e9s.<\/p>

Le fabricant des colonnes a depuis r\u00e9vis\u00e9 ses kits. L\u2019\u00e9quipe de Paul Wilmes a d\u00e9velopp\u00e9 des recommandations g\u00e9n\u00e9rales d\u00e9taillant comment \u00e9viter toute contamination lors de l\u2019isolation des ARN. De cette fa\u00e7on, rien ne fera plus obstacle \u00e0 l\u2019obtention de r\u00e9sultats exploitables avec ces colonnes d\u2019extraction. \u00ab Nos travaux montrent \u00e0 quel point les chercheurs doivent examiner leurs propres r\u00e9sultats de fa\u00e7on critique, surtout en biologie, \u00bb souligne Paul Wilmes. \u00ab Il est possible qu\u2019un r\u00e9sultat majeur ne puisse pas \u00eatre reproduit, simplement parce qu\u2019une partie de la proc\u00e9dure exp\u00e9rimentale n\u2019\u00e9tait pas fiable. Des \u00e9tudes comme la n\u00f4tre sont essentielles pour garantir la reproductibilit\u00e9 dans le futur. \u00bb<\/p>

– – –<\/p>

Heintz-Buschart et al<\/i>. Small RNA profiling of low biomass samples: identification and removal of contaminants<\/a>. BMC Biology (2018) 16:52, doi:10.1186\/s12915-018-0522-7<\/p>

Cette publication est disponible sur ORBilu<\/a>.<\/p>

Projet d’origine financ\u00e9 par le programme POC du Fonds National de la Recherche (FNR). Le professeur associ\u00e9 Paul Wilmes est un FNR ATTRACT Fellow.<\/p>

Pour en savoir plus sur cette \u00e9tude, retrouvez un article d\u00e9taill\u00e9 sur le site web du Fonds National de la Recherche (FNR)<\/a>.<\/p>\n

\n\u00a9 Universit\u00e9 du Luxembourg<\/h5>\n

<\/p>

Das Projekt an dem das Forscherteam gearbeitet hat als die Verunreinigungen entdeckt wurden, war ein vom FNR-finanziertes POC Projekt. Paul Wilmes ist ein FNR Attract Fellow.<\/p><\/div><\/section>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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